①除去
まず、遅延型フードアレルギー検査や有機酸検査、ペプチド検査の結果から、遅延型フードアレルギーの原因食物やLGS（Leaky Gut Syndrome:腸管壁漏症候群）の原因となる小麦・乳製品（場合によって大豆製品も）などを食事から除去し、腸への悪い刺激を避けることからはじめます。
②補充
消化管の４つの機能（①消化吸収能②腸内細菌との共生③腸管粘膜バリア機能④腸管免疫能）の障害を改善するために主に以下の3つを補充します。
そして、消化管の障害の程度によっては、腸管粘膜の修復やカンジダの除菌のために「必須栄養素」「天然の抗菌物質」「免疫物質」などを補充することもあります。
③評価
これらの治療を３～６か月間継続し、症状や改善の程度を評価し治療を継続します。
通常これらの治療である程度満足できる症状改善を認めることが多いですが、障害の程度が深刻な場合は1年以上かかることもあります。
④他の原因検索および治療
また、有害ミネラル（重金属）の体内蓄積などより深刻な原因がある場合は、これらの治療ではあまり改善が見られないこともあります。その場合、それらの治療を並行して進める必要があります。
